Les Nihilistes russes, emprisonnés dans les geôles du Tsar, communiquaient entre eux en tapant sur les murs ou sur la tuyauterie. Mais les gardiens pouvaient aussi entendre ces sons: il fallait donc imaginer un système de chiffrement. Les Nihilistes ont légèrement compliqué le carré de Polybe, tout d'abord en remplissant le tableau avec un mot-clef. Prenons par exemple un tableau construit avec le mot-clef DIFFICILE:
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1 | d | i | f | c | l |
| 2 | e | a | b | g | h |
| 3 | j | k | m | n | o |
| 4 | p | q | r | s | t |
| 5 | u | v | x | y | z |
Ensuite, ils choisissaient un autre mot de passe qu'ils chiffraient selon le carré précédemment rempli. Au message chiffré, ils additionnaient lettre par lettre le mot de passe pour obtenir le cryptogramme final.
Prenons comme second mot de passe EASY, qui sera chiffré 21 22 44 54. Chiffrons le message "le coyote hurle":
| Message clair | L | E | C | O | Y | O | T | E | H | U | R | L | E |
| Lettres chiffrées | 15 | 21 | 14 | 35 | 54 | 35 | 45 | 21 | 25 | 51 | 43 | 15 | 21 |
| Mot de passe (répété) | 21 | 22 | 44 | 54 | 21 | 22 | 44 | 54 | 21 | 22 | 44 | 54 | 21 |
| Message chiffré final | 36 | 43 | 58 | 89 | 75 | 57 | 89 | 75 | 46 | 73 | 87 | 69 | 42 |
Le cryptogramme final est donc: 364358 897557 897546 738769 42
Pour que chaque lettre soit représentée par deux chiffres, on soustrait 100 aux sommes comprises entre 100 et 110. 51+54 sera donc écrit 05.