En France, François Viète (1540-1603), rénovateur de l'algèbre, exerça aussi son savoir et ses talents sur les dépêches chiffrées de la Cour d'Espagne et de Venise pour le compte d'Henri IV.Viète s'était tourné vers Henri IV en 1589 pour décrypter des paquets de lettres codées. Suite à ses succès, il obtint à la fois le titre de déchiffreur et interprète du roi.

«Durant les troubles derniers j'ai découvert au Roy le plus fidellement que j'ai pu les cahiers d'Espaigne et d'Italie écrits en chiffres, où il a vu presque toujours ce qui s'est attenté au préjudice de son service et du bien de son Etat...».

On sait que le code des Espagnols comportait plus de 500 caractères, et que si la lettre du commandeur Moreo au roi d'Espagne - premier message secret qui lui fut donné à déchiffrer - datée du 28 octobre 1589 ne fut complètement décodée et rendue publique par Viète que le 28 mars 1590, il ne mettait plus, par la suite, que 2 à 3 jours pour rendre en clair les dépêches chiffrées que lui faisait parvenir Henri IV.
Il arriva d'ailleurs à Viète une fâcheuse histoire: s'étant vanté imprudemment auprès de courtisans de lire les dépêches chiffrées de la Chancellerie d'Espagne, l'ambassadeur de Venise, présent à l'entretien, en fit prévenir Philippe II. Celui-ci accusa Viète de sorcellerie et dénonça le cas au Pape. Mais ce dernier, qui connaissait le savoir de son propre cryptologue Giovanni Batista Argenti, ne donna aucune suite à cette plainte.
Son secret, Viète le livre dans un court mémoire rédigé peu de temps avant sa mort. Ce mémoire contient des principes qui sont devenus les principes de base du décryptement: identifier le type de chiffrement, utiliser des renseignements sur le contexte du message, faire une analyse cryptographique fondée sur une étude des fréquences des différents signes et de leurs associations.

Le chiffrement en usage à l'époque est la substitution homophone. Comment Viète repère-t-il ces différents équivalents pour une même lettre ou une même syllabe ?
«Quand Tassis ou autre ambassadeur écrit au Roy son maitre, il ne se contente pas d'envoyer une même lettre à la fois, il l'enverra deux ou trois fois ou quatre, jusqu'à ce qu'il ait appris qu'elle ait été reçue». Aussi, lorsqu'il est en possession de deux ou trois copies, Viète en compare les codages: «Ce sera déjà une grande lumière à voir l'abréviation et la forme des déguisements d'un même mot et la diversité des figures à l'expression du même terme ou syllabe»